Ir laimėtojas yra ...

2017 m. Lapkričio mėn. Mes paskelbėme genomikos iššūkį finansuoti mokslinių tyrimų projektą, skirtą novatoriškam žemųjų dažnių sekos nustatymui - „Gencove“ technologijai. Mes labai džiaugiamės gautu didžiuliu atsaku ir mums atsiųsta projektų įvairove. Po valandų diskusijų vidaus komitetas nusprendė, kad sprendimas yra per sunkus. Įdomių pasiūlymų buvo tiesiog per daug! Pabaigoje išrinkome du nugalėtojus: Gyaneshwer Chaubey iš Banaras Hindu universiteto (Indija) ir Cristian Capelli iš Oksfordo universiteto, JK.

Gyaneshwer Chaubey kartu su „Gencove“ seka indėnų parsi mažumos genomus. Jis įtaria, kad 57K Parsi populiacija yra labai vienalytė dėl endogamijos papročių, o tai rodo ribotą įkūrėjų skaičių. Gyaneshweris yra ne tik suinteresuotas aprašyti atskirus Parsi įkūrėjus (genomo istoriją, priemaišų struktūrą), bet ir nori suprojektuoti genetinę patikros grupę, skirtą paprastioms ligoms, paplitusioms Parsyje. Kelių šimtų asmenų „Gencove“ žemųjų dažnių seka leis nustatyti įprastus genetinius variantus, kurie gali būti siejami su plačia „Parsi“ fenotipų duomenų baze.

Gyaneshwer Chaubey apdoroja DNR mėginius

Cristianas Capelli nori suprasti, kaip keičiasi žmogaus seilių mikrobiomas erdvėje, kultūroje ir šeimininko genetinėje struktūroje. Siekdamas ištirti mitybos ir aplinkos vaidmenį, Cristianas kartu su Gencove padalins DNR iš Pietų Afrikos populiacijai priklausančių asmenų seilių. Jie visi turi bendrą genetinę kilmę, tačiau turi skirtingas pragyvenimo strategijas (žemdirbiai ar ganytojai) arba gyvena skirtinguose regionuose (Namibija ir Lesotas dviejose skirtingose ​​ekologinėse zonose, aukštumose ir žemumose). Įrodyta, kad žarnyno mikrobiomas skiriasi skirtingose ​​geografiškai artimoje grupėse, tiriančiose skirtingas dietas. Cristianas patikrins, ar seilių mikrobų bendrijas taip pat veikia dietos kitimas. Naudojant visus genomo sekų duomenis, bus galima palyginti afinitetus ir skirtumus tarp grupių tiek jų mikrobų taksonominės sudėties, tiek metabolinio profilio atžvilgiu.

Cristianas Capelli ir jo grupė renka pavyzdžius Namibijoje

Abiejuose projektuose panaudotos unikalios „Gencove“ žemųjų dažnių sekos nustatymo technologijos savybės - galimybė atrasti naujus variantus Parsi populiacijoje ir sekos nustatymas rodo iš burnos mikrobiomo Pietų Afrikos projektui.

Reikia pasakyti, kad abu tyrėjai pateiks savo duomenis mokslo bendruomenei.

Buvo atsiųsta ir kitų fantastiškų projektų. Daugelis tyrimų norėjo naudoti žemųjų dažnių seką, norėdami ištirti ligos genetiką, ir mes pateikėme keletą teiginių apie burnos mikrobiomos, mitochondrijų, genomo ir aplinkos ryšį. Taip pat buvo keletas projektų, kurių metu buvo tiriama nepakankamai ištirtų populiacijų genomika, naudojant būsimas diagnostikos programas. Viename pateikime buvo siūloma naudoti žemųjų dažnių seką, kad būtų galima įvertinti kopijų skaičiaus pokyčius navikuose. Kalbant apie tyrimus su žmonėmis, absoliučiai mėgstamiausias dalykas buvo nustatyti optimalias mielių padermes biokurui gaminti.

Palengvinti tokio tipo tyrimus būtent todėl ir pradėjome „Gencove“!

Kaip ir bet kurios dovanos, taip pat buvo rašymų, tiesiogiai sci-fi, tačiau sveikiname jus su vaizduote! Pataisę kai kurias detales, kai kurios iš jų gali būti pakartotinai pateiktos mūsų kitam iššūkiui.